眷村博物館現址之建築原為新竹市調查站，後轉為新竹市環境保護局使用。環保局為解決區域垃圾處理問題，選定南寮海邊興建焚化廠。2001年2月焚化廠正式啟爐運轉後，環保局也將辦公室搬遷至焚化廠行政大樓，舊辦館舍於是遺留下來。
       1997年全國文藝季「竹籬笆內的春天」活動，展現了新竹市豐厚的眷村文化，於是陸續有了籌策眷村博物館的構想。在各界人士的推動之下，設置計劃原預定於空軍一村第八區，因土地權屬問題無法解決，改將環保局之舊建築，設為眷村博物館使用，積極保存新竹市特有的眷村文化與鄰近之文化局形成脈動。
       2002年12月28日眷村博物館籌設完成正式開館，展示空間僅有一樓。後因眷村文物的增加，2005年起著手規劃二、三樓擴建計畫，2006年10月28日整修完工啟用，作為眷村文物與台灣常民文化的基地。
        在新竹市擎天自強協會歷任理事長與會員大力提供與蒐集，以及眷村朋友們將各種饒富意義的眷村文物主動捐贈之外，並親身投入口述記憶的傳承工作，才使得博物館有今天這番規模與氣象。