全館為三層樓建物，室內展示空間約300多坪。配合戶外表演廣場約200坪，可供藝文表演活動使用。戶外整體設計除了入口大門是仿造眷村紅門白線的建築樣貌。最特別的戶外意象區「飛機副油箱水塔」，這個副油箱水塔原是F100戰鬥機報廢的副油箱，後來被眷村居民改裝成儲水水塔，由新竹三廠眷村捐贈給博物館，它象徵了眷村克勤克儉的生活哲學，也代表了眷村博物館的開館精神。

一樓/烽火重生─戰亂移民潮
       館內一樓規劃為眷村歷史背景區，介紹台灣眷村的形成與新竹眷村的演變，新竹市有47個眷村，包括陸軍、空軍、聯勤、警備、反共救國軍等多種軍種和部隊，以「竹椽土瓦蓋頂，竹筋糊泥為壁」的克難精神，興建一個封閉性的聚落與特殊文化，其演變與發展，可說是台灣眷村文化與歷史的縮影。

二樓/縮影中國-竹籬笆內的春天
       二樓規劃為眷村生活情境區，以情境重現的方式，將眷村食、衣、住、行、育、樂、眷村巷道等，濃厚的眷村生活樣貌，藉由造景的手法，把眷村即將消逝的獨特生活容貌，保留在博物館的展示空間中。所展示的生活文物，皆為當時克難自製的物品，包括利用軍機廢料作成的煤油爐、飛機鼻帽鍋子、氧氣筒飲水機、掛彈架矮凳等。另外有一些懷舊文物如補給證、軍徽、舊式腳踏車、電唱機、黑膠唱片等，睹物思情，油然勾起時代的氣氛。

三樓/有情有義-患難與共
       三樓規劃為展示區，並常態性辦理眷村文化相關特展活動，以眷村生活美學、眷村社區文史、眷村歷史人文為主軸，帶給民眾最深入的眷村文化體驗。      

眷村博物館的設立，彷彿穿越時光隧道，緬懷過去時光，讓許多民眾在參觀之餘，瞭解當年軍榮眷的生活。重拾此世代族群的真實面貌與尊嚴，也試圖建構一個有系統的文化發展與當代社會的對話及文化累積。